http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/expresion.htm
http://www.unioviedo.es/bos/Asignaturas/Fvca/seminarios/Seminario%20Purificacion%20de%20proteinas.doc
http://es.wikipedia.org/wiki/ELISA
http://es.wikipedia.org/wiki/Western_blot
http://www.ehu.es/biomoleculas/isotopos/ria.htm
http://www2.uah.es/sancho/farmacia/temas%2009-10/Tema%206%20-%20Cuantificacion%20de%20proteinas%20farmacia.pdf
martes, 24 de junio de 2008
jueves, 5 de junio de 2008
Clonacion, transformacion y fermentacion
http://www.biologia.edu.ar/microgeneral/micro-ianez/25_micro.htm
http://docencia.izt.uam.mx/hgm/bioq_bm_maestria/documentos/doc/Transformaci%F3n%20bacteriana.doc
http://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/17transforma.htm#_Toc64553432
Apartados 4.3 y 4.4
http://bioinformatica.uab.es/genetica/curso/EnsayosAlumnos/Christian-Rene/tectrans.html
http://darwin.usal.es/profesores/pfmg/sefin/MI/tema12MI.html
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/dna%20recombinante.html
http://www.higiene.edu.uy/cefa/bacto/utm12/ADNrec_archivos/frame.htm
http://www.monografias.com/trabajos82/la-ingenieria-genetica/la-ingenieria-genetica2.shtml
http://docencia.izt.uam.mx/hgm/bioq_bm_maestria/documentos/doc/Transformaci%F3n%20bacteriana.doc
http://www.ugr.es/~eianez/Microbiologia/17transforma.htm#_Toc64553432
Apartados 4.3 y 4.4
http://bioinformatica.uab.es/genetica/curso/EnsayosAlumnos/Christian-Rene/tectrans.html
http://darwin.usal.es/profesores/pfmg/sefin/MI/tema12MI.html
http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/dna%20recombinante.html
http://www.higiene.edu.uy/cefa/bacto/utm12/ADNrec_archivos/frame.htm
http://www.monografias.com/trabajos82/la-ingenieria-genetica/la-ingenieria-genetica2.shtml
jueves, 8 de mayo de 2008
PCR, MAAPs y mutagenesis dirigida
http://darwin.usal.es/profesores/pfmg/sefin/MI/tema09MI.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/PCR/PCR.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/PRC-en-tiempo-real/PCR-in-tiempo-real.html
http://www.ugr.es/~mgarrido/PCR.htm
http://www.rvc.ac.uk/review/DNA_1/5_RAPD.cfm
tiene una buena animacion del proceso.
http://www.monografias.com/trabajos904/marcadores-diversidad-genetica/marcadores-diversidad-genetica2.shtml
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/PCR/PCR.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/PRC-en-tiempo-real/PCR-in-tiempo-real.html
http://www.ugr.es/~mgarrido/PCR.htm
http://www.rvc.ac.uk/review/DNA_1/5_RAPD.cfm
tiene una buena animacion del proceso.
http://www.monografias.com/trabajos904/marcadores-diversidad-genetica/marcadores-diversidad-genetica2.shtml
Etiquetas:
MAAPS y mutagenesis dirigida,
páginas web sobre PCR,
sus usos
jueves, 24 de abril de 2008
Secuencia de DNA
http://147.96.1.15/info/genetica/AVG/practicas/secuencia/Secuencia.htm
http://www2.iib.uam.es/seq/tecnicas/biomed1.htm#introduccion
http://www2.iib.uam.es/seq/tecnicas/biomed1.htm#introduccion
Etiquetas:
páginas web sobre secuencia de DNA
jueves, 17 de abril de 2008
Hibridación Ac. Nucléicos, Southern y RFLP
http://www.ehu.es/biomoleculas/isotopos/blot.htm
http://translate.google.com.ar/translate?hl=es&langpair=en%7Ces&u=http://www.mun.ca/biology/scarr/Gr12-18.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/la-molecula-de-adn/molecula-ADN.html
http://www.monografias.com/trabajos20/biologia-molecular/biologia-molecular.shtml#metodos
http://html.rincondelvago.com/adn-hibridacion-y-reaccion-en-cadena-de-las-polimerasas.html
http://www.ugr.es/~eianez/Biotecnologia/forensetec.htm#1
http://www.monografias.com/trabajos19/musaceas/musaceas.shtml#polifor
RFLP
jueves, 10 de abril de 2008
enzimas de restricción
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/Enzimas/enzimas-de-restricc.html
http://www.uprm.edu/biology/cursos/biologiageneral/EnzimasDNA.htm
abrupto:blunt o romo; cohesivo: pegajoso o sticky.
http://www.escience.ws/b572/L5/L5.htm
esta en ingles, pero tiene buenos gráficos.
http://www.porquebiotecnologia.com.ar/educacion/cuaderno/ec_34.asp?cuaderno=34
es tipo pdf, muy buena.
Corte del ADN mediante enzimas de restricción:
Las enzimas de restricción (ERs) se usan como tijeras moleculares para cortar el ADN en sitios específicos. Estas endonucleasas reconocen una secuencia específica del ADN y lo cortan cerca o dentro del sitio de reconocimiento. Las ERs de uso más frecuente en el laboratorio reconocen secuencias de 4 a 6 pares de bases. Para un ADN en particular una ER producirá un número determinado de fragmentos dependiendo del número y de la localización de sus sitios de reconocimiento. Por esta razón las ERs constituyen una herramienta muy valiosa para caracterizar secuencias génicas. El análisis del patrón de digestión de determinados genes es una herramienta útil en el estudio de mutaciones ya que al modificarse la secuencia de un gen los sitios de corte resultan modificados. Actualmente el diagnóstico de algunas enfermedades genéticas como la hemocromatosis se efectúa analizando el patrón de digestión de un trozo de ADN específico. Las ERs son también de gran utilidad para "clonar" fragmentos de ADN, tal como se describe más adelante.
http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/restriction.html
Buenas animaciones de distintas técnicas.
ENZIMAS DE RESTRICCIÓN
Muchos microorganismos producen enzimas que modifican y digieren o rompen el ADN. Estos sistemas, llamados de modificación-restricción, son análogos a un sistema inmune, los cuales probablemente evolucionaron como un mecanismo de protección de los microorganismos contra infecciones virales. En efecto, las bacterias, por ejemplo, son infectadas por virus, llamados bacteriófagos, que inyectan su propio ADN en la célula bacteriana para después controlar su maquinaria celular y redirigirla hacia la síntesis de sus propios componentes, dando como resultado final la ruptura de la célula y la liberación de cientos o miles de nuevos virus. En algunas bacterias el ADN propio está modificado en ciertas secuencias. Una enzima de modificación se desliza sobre la hebra de ADN, y cada vez que se topa con su secuencia blanco, por ejemplo GAATTC, introduce un pequeño grupo químico en la adenina (A) central. Otra enzima, la enzima de restricción, también se desliza en la hebra de ADN, y si encuentra la secuencia GAATTC, corta el ADN en esa posición. La enzima, sin embargo, no corta el ADN modificado, por lo que efectivamente es capaz de degradar el ADN extraño que puede entrar a la célula, sin alterar el ADN propio.
Hoy en día conocemos miles de diferentes enzimas de restricción, provenientes de otros tantos distintos microorganismos. Más de cien distintas secuencias pequeñas de ADN pueden ser rotas, específicamente, por medio del uso de la adecuada enzima de restricción.
Otra interesante propiedad de las enzimas de restricción es que, en general, reconocen secuencias palindrómicas, es decir; secuencias que son iguales si se leen en una dirección, o en la dirección contraria. Por ejemplo:
— 5´GAATTC3´—
— 3´CTTAAG5´—
es una secuencia palindrómica. Cuando actúa la enzima que reconoce y corta esta secuencia, llamada EcoRI, genera segmentos de ADN con extremos que se proyectan fuera de la doble cadena:
— 5´G AATTC3´—
— 3´CTTAA G5´—
Estos extremos se denominan cohesivos o pegajosos, porque tienden a aparearse o hibridarse nuevamente. En realidad, cualquier extremo de ADN generado por un corte con EcoRI puede hibridarse o aparearse con otro extremo generado por la misma enzima.
Los descubridores de las primeras enzimas de restricción pronto se dieron cuenta de que su acción sobre el ADN (comúnmente llamada "digestión") producía un conjunto definido de diferentes segmentos. Esto es particularmente fácil de detectar si la digestión se efectúa sobre una molécula pequeña; y tales moléculas existen en la naturaleza. Por ejemplo, ciertos virus están constituidos por genomas muy pequeños. El virus SV4O (que ocasiona cáncer en los simios) contiene una molécula de ADN circular de unos 5 mil pares de bases. Muchas bacterias portan pequeñas moléculas de ADN, llamadas plásmidos, que llevan información accesoria a su cromosoma. Estas moléculas pueden tener también sólo unos miles de nucleótidos. Si se somete el producto de digestión de una de estas moléculas a una separación por electroforesis, después de utilizar la enzima de restricción, se observa un patrón de bandas, que corresponde a los fragmentos de ADN de tamaños correspondientes a la distancia entre un sitio y otro. El principio del proceso es análogo a la separación de proteínas (véase el recuadro II.1).
http://www.arrakis.es/~ibrabida/vigcorte.html
8.- Endonucleasas de restricción
En la tecnología del DNA recombinante "in vitro", tanto el DNA que contiene la secuencia diana como el vector de clonación deben cortarse de forma reproducible en fragmentos más pequeños. Si aplicamos ultrasonidos al DNA cromosomal obtenemos fragmentos de DNA de doble cadena que van desde los 0,3 a los 5 pares de kilobases en longitud. Desgraciadamente, este procedimiento tan sencillo produce roturas aleatorias, por lo que cada vez que se trata una muestra de DNA se obtienen diferentes fragmentos.
Hasta que no se descubrieron las endonucleasas de restricción no fué posible trabajar en clonación. Las endonucleasas de restricción son unos enzimas bacterianos que cortan internamente las moléculas de DNA de una forma específica que viene determinada por la secuencia de los pares de bases. Una de las primeras endonucleasas de restricción que se caracterizó fué de la bacteria Escherichia coli y se designó EcoRI. Estas enzimas se denominan con el nombre del género en letras mayúsculas seguido de las dos primeras letras del nombre de la especie en minúscula, utilizándose números romanos para designar el orden de caracterización de diferentes endonucleasas de restricción del mismo organismo (HpaI, HpaII de Haemophilus parainfluenzae).
La EcoRI se une a una región del DNA con una secuencia palindrómica específica (las dos cadenas son idénticas cuando se leen en la misma polaridad, por ejemplo 5'-->3'; un palíndromo es un conjunto de caracteres que se lee lo mismo de derecha a izquierda que de izquierda a derecha y deriva del griego que quiere decir "andar de nuevo para atrás"; ROMA:AMOR) de seis pares de bases y la corta entre los residuos de guanina y adenina de cada cadena; cortando específicamente el enlace internucleotídico entre el oxígeno del carbono 3' del azúcar de un nucleótido y el grupo fosfato unido al carbono 5' del azúcar del nucleótido adyacente. Este corte simétrico del DNA por EcoRI produce dos cadenas sencillas con los extremos complementarios y cada una con una extensión de cuatro nucleótidos. En este caso, cada extensión de la cadena sencilla finaliza en un grupo fosfato 5' mientras que el grupo 3' hidroxilo está retirado. Las secuencias palindrómicas donde se unen y posteriormente cortan las endonucleasas de restricción se llaman secuencias de reconocimiento.
Algunas endonucleasas de restricción cortan el DNA originando extensiones fosfato 5', otras originan extensiones hidroxilo 3' (extremos pegajosos; sticky ends); mientras que otras cortan ambas cadenas dentro de una secuencia de reconocimiento produciendo extremos sin protuberancias (extremos despuntados; blunt ends).
La longitud de la secuencia de reconocimiento para diferentes enzimas puede ser de 4, 5, 6, 8 ó más pares de nucleótidos. Debido a la frecuencia con la cual aparecen en el DNA estas secuencias de reconocimiento se suelen utilizar en clonación las endonucleasas de restricción que cortan secuencias de 4 y 6 pares de nucleótidos.
La importancia de este tipo de endonucleasas de restricción viene determinada por el hecho de que la misma muestra de DNA tratada con uno de estos enzimas producirá los mismos fragmentos, asumiendo que todos los sitios de reconocimiento para ese enzima son cortados. Además pueden construirse mapas físicos (mapas de restricción) que designan el orden lineal de los sitios de restricción sobre un trozo específico de DNA.
Estos mapas de restricción se obtienen al tratar la molécula de DNA con diferentes enzimas de restricción (uno cada vez) y después con una combinación de ellos. Las posiciones de los sitios de corte se pueden deducir mediante el análisis del tamaño de los fragmentos, los cuales se determinan por electroforesis en gel de agarosa. Por ejemplo, los fragmentos producidos por la digestión de EcoRI, Bam HI y la mezcla de los dos se muestran en la figura. Se deduce de la electroforesis que esta pieza de DNA tiene dos sitios de corte Bam HI y dos sitios de corte EcoRI en un orden específico con un específico número de pares de bases separando los cortes (1 corte ------> 2 fragmentos; 2 cortes ------> 3 fragmentos). El mapa de restricción se formula al comparar el tamaño de los fragmentos producidos en cada digestión sencilla con aquellos que se obtienen de la doble digestión. En el ejemplo de la figura el análisis sería:
Debido a que cada digestión sencilla produce 3 fragmentos de una molécula lineal de DNA, la pieza original debe contener 2 sitios de corte para cada una de las endonucleasas de restricción. El fragmento de 300 pb obtenido con EcoRI permanece intacto después de la doble digestión, mientras que el de 850 pb y 500 pb se cortan. Por lo que los dos cortes EcoRI están separados por 300 pb sin ningún sitio de corte Bam HI dentro de cada uno de los fragmentos de EcoRI (850 y 500 pb). El fragmento de 950 pb que se produce por la digestión con Bam HI se corta con EcoRI en la doble digestión en 3 piezas (250 + 300 + 400 = 950 pb). Por lo tanto, los dos cortes Bam HI se encuentran a 250 y 400 pb de cada uno de los cortes de EcoRI. La digestión con Bam HI rompe el fragmento de 850 pb de EcoRI en dos fragmentos de 250 y 600 pb y ya hemos visto que uno de los cortes de EcoRI está a 250 pb del corte de Bam HI; por lo tanto la región de 600 pb debe incluir uno de los extremos de la molécula. Usando la misma lógica comprobamos que la digestión con Bam HI corta el fragmento EcoRI de 500 pb en dos fragmentos de 100 pb y 400 pb y como uno de los sitios de corte de EcoRI está a 400 pb del sitio Bam HI, la región Bam HI de 100 pb debe incluir el otro extremo de la molécula. En el mapa final obtenido, las localizaciones de los sitios de restricción son consistentes con la longitud de los fragmentos que hemos obtenido en cada una de las digestiones.
Las endonucleasas de restricción también se pueden usar con otros motivos. Cuando dos muestras diferentes de DNA se digieren con la misma endonucleasa de restricción que origina extremos pegajosos y posteriormente se mezclan, se pueden formar nuevas combinaciones de DNA como resultado del apareamiento de bases de los extremos.
Las enzimas de restricción solas no son suficientes en la clonación ya que cuando se alinean los extremos pegajosos, los puentes de H2 de las bases que se aparean no son lo suficientemente fuertes como para mantener dos moléculas de DNA unidas. Es necesaria la unión internucleotídica entre el grupo hidroxilo 3' y el grupo fosfato 5' de los dos sitios de corte. Este problema puede resolverse usando el enzima DNA ligasa, normalmente del bacteriófago T4. Este enzima cataliza la formación de enlaces fosfodiester entre los extremos de las cadenas de DNA que ya están unidas por el apareamiento de bases de dos extensiones. Incluso une dos extremos sin punta que se ponen en contacto cuando ambos se unen al enzima.
http://www.uprm.edu/biology/cursos/biologiageneral/EnzimasDNA.htm
abrupto:blunt o romo; cohesivo: pegajoso o sticky.
http://www.escience.ws/b572/L5/L5.htm
esta en ingles, pero tiene buenos gráficos.
http://www.porquebiotecnologia.com.ar/educacion/cuaderno/ec_34.asp?cuaderno=34
es tipo pdf, muy buena.
Corte del ADN mediante enzimas de restricción:
Las enzimas de restricción (ERs) se usan como tijeras moleculares para cortar el ADN en sitios específicos. Estas endonucleasas reconocen una secuencia específica del ADN y lo cortan cerca o dentro del sitio de reconocimiento. Las ERs de uso más frecuente en el laboratorio reconocen secuencias de 4 a 6 pares de bases. Para un ADN en particular una ER producirá un número determinado de fragmentos dependiendo del número y de la localización de sus sitios de reconocimiento. Por esta razón las ERs constituyen una herramienta muy valiosa para caracterizar secuencias génicas. El análisis del patrón de digestión de determinados genes es una herramienta útil en el estudio de mutaciones ya que al modificarse la secuencia de un gen los sitios de corte resultan modificados. Actualmente el diagnóstico de algunas enfermedades genéticas como la hemocromatosis se efectúa analizando el patrón de digestión de un trozo de ADN específico. Las ERs son también de gran utilidad para "clonar" fragmentos de ADN, tal como se describe más adelante.
http://www.dnalc.org/ddnalc/resources/restriction.html
Buenas animaciones de distintas técnicas.
ENZIMAS DE RESTRICCIÓN
Muchos microorganismos producen enzimas que modifican y digieren o rompen el ADN. Estos sistemas, llamados de modificación-restricción, son análogos a un sistema inmune, los cuales probablemente evolucionaron como un mecanismo de protección de los microorganismos contra infecciones virales. En efecto, las bacterias, por ejemplo, son infectadas por virus, llamados bacteriófagos, que inyectan su propio ADN en la célula bacteriana para después controlar su maquinaria celular y redirigirla hacia la síntesis de sus propios componentes, dando como resultado final la ruptura de la célula y la liberación de cientos o miles de nuevos virus. En algunas bacterias el ADN propio está modificado en ciertas secuencias. Una enzima de modificación se desliza sobre la hebra de ADN, y cada vez que se topa con su secuencia blanco, por ejemplo GAATTC, introduce un pequeño grupo químico en la adenina (A) central. Otra enzima, la enzima de restricción, también se desliza en la hebra de ADN, y si encuentra la secuencia GAATTC, corta el ADN en esa posición. La enzima, sin embargo, no corta el ADN modificado, por lo que efectivamente es capaz de degradar el ADN extraño que puede entrar a la célula, sin alterar el ADN propio.
Hoy en día conocemos miles de diferentes enzimas de restricción, provenientes de otros tantos distintos microorganismos. Más de cien distintas secuencias pequeñas de ADN pueden ser rotas, específicamente, por medio del uso de la adecuada enzima de restricción.
Otra interesante propiedad de las enzimas de restricción es que, en general, reconocen secuencias palindrómicas, es decir; secuencias que son iguales si se leen en una dirección, o en la dirección contraria. Por ejemplo:
— 5´GAATTC3´—
— 3´CTTAAG5´—
es una secuencia palindrómica. Cuando actúa la enzima que reconoce y corta esta secuencia, llamada EcoRI, genera segmentos de ADN con extremos que se proyectan fuera de la doble cadena:
— 5´G AATTC3´—
— 3´CTTAA G5´—
Estos extremos se denominan cohesivos o pegajosos, porque tienden a aparearse o hibridarse nuevamente. En realidad, cualquier extremo de ADN generado por un corte con EcoRI puede hibridarse o aparearse con otro extremo generado por la misma enzima.
Los descubridores de las primeras enzimas de restricción pronto se dieron cuenta de que su acción sobre el ADN (comúnmente llamada "digestión") producía un conjunto definido de diferentes segmentos. Esto es particularmente fácil de detectar si la digestión se efectúa sobre una molécula pequeña; y tales moléculas existen en la naturaleza. Por ejemplo, ciertos virus están constituidos por genomas muy pequeños. El virus SV4O (que ocasiona cáncer en los simios) contiene una molécula de ADN circular de unos 5 mil pares de bases. Muchas bacterias portan pequeñas moléculas de ADN, llamadas plásmidos, que llevan información accesoria a su cromosoma. Estas moléculas pueden tener también sólo unos miles de nucleótidos. Si se somete el producto de digestión de una de estas moléculas a una separación por electroforesis, después de utilizar la enzima de restricción, se observa un patrón de bandas, que corresponde a los fragmentos de ADN de tamaños correspondientes a la distancia entre un sitio y otro. El principio del proceso es análogo a la separación de proteínas (véase el recuadro II.1).
http://www.arrakis.es/~ibrabida/vigcorte.html
8.- Endonucleasas de restricción
En la tecnología del DNA recombinante "in vitro", tanto el DNA que contiene la secuencia diana como el vector de clonación deben cortarse de forma reproducible en fragmentos más pequeños. Si aplicamos ultrasonidos al DNA cromosomal obtenemos fragmentos de DNA de doble cadena que van desde los 0,3 a los 5 pares de kilobases en longitud. Desgraciadamente, este procedimiento tan sencillo produce roturas aleatorias, por lo que cada vez que se trata una muestra de DNA se obtienen diferentes fragmentos.
Hasta que no se descubrieron las endonucleasas de restricción no fué posible trabajar en clonación. Las endonucleasas de restricción son unos enzimas bacterianos que cortan internamente las moléculas de DNA de una forma específica que viene determinada por la secuencia de los pares de bases. Una de las primeras endonucleasas de restricción que se caracterizó fué de la bacteria Escherichia coli y se designó EcoRI. Estas enzimas se denominan con el nombre del género en letras mayúsculas seguido de las dos primeras letras del nombre de la especie en minúscula, utilizándose números romanos para designar el orden de caracterización de diferentes endonucleasas de restricción del mismo organismo (HpaI, HpaII de Haemophilus parainfluenzae).
La EcoRI se une a una región del DNA con una secuencia palindrómica específica (las dos cadenas son idénticas cuando se leen en la misma polaridad, por ejemplo 5'-->3'; un palíndromo es un conjunto de caracteres que se lee lo mismo de derecha a izquierda que de izquierda a derecha y deriva del griego que quiere decir "andar de nuevo para atrás"; ROMA:AMOR) de seis pares de bases y la corta entre los residuos de guanina y adenina de cada cadena; cortando específicamente el enlace internucleotídico entre el oxígeno del carbono 3' del azúcar de un nucleótido y el grupo fosfato unido al carbono 5' del azúcar del nucleótido adyacente. Este corte simétrico del DNA por EcoRI produce dos cadenas sencillas con los extremos complementarios y cada una con una extensión de cuatro nucleótidos. En este caso, cada extensión de la cadena sencilla finaliza en un grupo fosfato 5' mientras que el grupo 3' hidroxilo está retirado. Las secuencias palindrómicas donde se unen y posteriormente cortan las endonucleasas de restricción se llaman secuencias de reconocimiento.
Algunas endonucleasas de restricción cortan el DNA originando extensiones fosfato 5', otras originan extensiones hidroxilo 3' (extremos pegajosos; sticky ends); mientras que otras cortan ambas cadenas dentro de una secuencia de reconocimiento produciendo extremos sin protuberancias (extremos despuntados; blunt ends).
La longitud de la secuencia de reconocimiento para diferentes enzimas puede ser de 4, 5, 6, 8 ó más pares de nucleótidos. Debido a la frecuencia con la cual aparecen en el DNA estas secuencias de reconocimiento se suelen utilizar en clonación las endonucleasas de restricción que cortan secuencias de 4 y 6 pares de nucleótidos.
La importancia de este tipo de endonucleasas de restricción viene determinada por el hecho de que la misma muestra de DNA tratada con uno de estos enzimas producirá los mismos fragmentos, asumiendo que todos los sitios de reconocimiento para ese enzima son cortados. Además pueden construirse mapas físicos (mapas de restricción) que designan el orden lineal de los sitios de restricción sobre un trozo específico de DNA.
Estos mapas de restricción se obtienen al tratar la molécula de DNA con diferentes enzimas de restricción (uno cada vez) y después con una combinación de ellos. Las posiciones de los sitios de corte se pueden deducir mediante el análisis del tamaño de los fragmentos, los cuales se determinan por electroforesis en gel de agarosa. Por ejemplo, los fragmentos producidos por la digestión de EcoRI, Bam HI y la mezcla de los dos se muestran en la figura. Se deduce de la electroforesis que esta pieza de DNA tiene dos sitios de corte Bam HI y dos sitios de corte EcoRI en un orden específico con un específico número de pares de bases separando los cortes (1 corte ------> 2 fragmentos; 2 cortes ------> 3 fragmentos). El mapa de restricción se formula al comparar el tamaño de los fragmentos producidos en cada digestión sencilla con aquellos que se obtienen de la doble digestión. En el ejemplo de la figura el análisis sería:
Debido a que cada digestión sencilla produce 3 fragmentos de una molécula lineal de DNA, la pieza original debe contener 2 sitios de corte para cada una de las endonucleasas de restricción. El fragmento de 300 pb obtenido con EcoRI permanece intacto después de la doble digestión, mientras que el de 850 pb y 500 pb se cortan. Por lo que los dos cortes EcoRI están separados por 300 pb sin ningún sitio de corte Bam HI dentro de cada uno de los fragmentos de EcoRI (850 y 500 pb). El fragmento de 950 pb que se produce por la digestión con Bam HI se corta con EcoRI en la doble digestión en 3 piezas (250 + 300 + 400 = 950 pb). Por lo tanto, los dos cortes Bam HI se encuentran a 250 y 400 pb de cada uno de los cortes de EcoRI. La digestión con Bam HI rompe el fragmento de 850 pb de EcoRI en dos fragmentos de 250 y 600 pb y ya hemos visto que uno de los cortes de EcoRI está a 250 pb del corte de Bam HI; por lo tanto la región de 600 pb debe incluir uno de los extremos de la molécula. Usando la misma lógica comprobamos que la digestión con Bam HI corta el fragmento EcoRI de 500 pb en dos fragmentos de 100 pb y 400 pb y como uno de los sitios de corte de EcoRI está a 400 pb del sitio Bam HI, la región Bam HI de 100 pb debe incluir el otro extremo de la molécula. En el mapa final obtenido, las localizaciones de los sitios de restricción son consistentes con la longitud de los fragmentos que hemos obtenido en cada una de las digestiones.
Las endonucleasas de restricción también se pueden usar con otros motivos. Cuando dos muestras diferentes de DNA se digieren con la misma endonucleasa de restricción que origina extremos pegajosos y posteriormente se mezclan, se pueden formar nuevas combinaciones de DNA como resultado del apareamiento de bases de los extremos.
Las enzimas de restricción solas no son suficientes en la clonación ya que cuando se alinean los extremos pegajosos, los puentes de H2 de las bases que se aparean no son lo suficientemente fuertes como para mantener dos moléculas de DNA unidas. Es necesaria la unión internucleotídica entre el grupo hidroxilo 3' y el grupo fosfato 5' de los dos sitios de corte. Este problema puede resolverse usando el enzima DNA ligasa, normalmente del bacteriófago T4. Este enzima cataliza la formación de enlaces fosfodiester entre los extremos de las cadenas de DNA que ya están unidas por el apareamiento de bases de dos extensiones. Incluso une dos extremos sin punta que se ponen en contacto cuando ambos se unen al enzima.
viernes, 28 de marzo de 2008
Páginas web de enzimas de modificación
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/Enzimas/ADN-POL.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/Enzimas/las-ligasas.html
http://html.rincondelvago.com/manipulacion-genetica.html
http://html.rincondelvago.com/genetica_17.html
http://www.icampus.ucl.ac.be/courses/SBIM2520/document/genemol/biomolespa/Enzimas/las-ligasas.html
http://html.rincondelvago.com/manipulacion-genetica.html
http://html.rincondelvago.com/genetica_17.html
jueves, 20 de marzo de 2008
Electroforesis
http://www.javeriana.edu.co/Facultades/Ciencias/neurobioquimica/libros/celular/electroforesis.html
http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/elfo/electrof2.html
http://iie.fing.edu.uy/investigacion/grupos/gti/timag/trabajos/2006/electroforesis/
http://html.rincondelvago.com/electroforesis-de-acidos-nucleicos.html
http://www.monografias.com/trabajos916/electroforesis-geles/electroforesis-geles.shtml
http://biomodel.uah.es/biomodel-misc/anim/elfo/electrof2.html
http://iie.fing.edu.uy/investigacion/grupos/gti/timag/trabajos/2006/electroforesis/
http://html.rincondelvago.com/electroforesis-de-acidos-nucleicos.html
http://www.monografias.com/trabajos916/electroforesis-geles/electroforesis-geles.shtml
viernes, 14 de marzo de 2008
Glosario de términos de la materia
Adaptadores cortos
Oligonucleótidos sintéticos bicatenarios que pueden unirse a los extremos de fragmentos de ADN para originar sitios reconocibles por las enzimas de restricción.
ADN complementario (ADNc)
Cadena complementaria de ADN copiada a partir de una de ARN mediante la enzima transcriptasa inversa
ADN recombinante
Molécula de ADN que contiene segmentos de distintos orígenes (pueden ser biológicos o sintetizados químicamente). Para su generacion los segmentos de ADN se unen utilizando procedimientos de laboratorio
Agrobacteria
Género de bacterias del suelo que introducen genes ciertos vegetales mediante sus plásmidos.
Amplificación
Aumento del número de copias de un gen o de una secuencia de ADN.
Anticuerpo monoclonal
Anticuerpo producido por un clon de linfocitos B. A diferencia del policlonal, que es una mezcla de anticuerpos que reaccionan con diversos determinantes antigénicos, cada anticuerpo monoclonal posee una única especificidad.
Bandeado G
Técnica para ver un patrón de bandas en los cromosomas al teñirlos con Giemsa.
Bandeado Q
Técnica para ver un patrón de bandas en los cromosomas al teñirlos con quinacrina.
Biblioteca de ADN recombinante (genoteca)
Población de moléculas idénticas de vector en la que cada una de estas moléculas es portadora de un inserto de ADN diferente. En su conjunto, los diferentes insertos pueden representar un genoma completo (por ejemplo, una biblioteca genómica humana) o bien una colección de ARNs mensajeros aislados a partir de un tipo particular de célula y convertidos en los correspondientes ADNs complementarios (en cuyo caso se habla de una biblioteca de ADNc).
“Blotting”
Inmovilización de ADN, ARN o proteínas en una superficie de papel o membrana porosa para facilitar su estudio.
Cepa
En microbiología, conjunto de virus, bacterias u hongos que tienen el mismo patrimonio genético.
Clones
Grupo de células o de organismos de idéntica constitución genética entre sí y con el antepasado común del que proceden por división binaria o por reproducción asexual.
Clonación Celular
Proceso de multiplicación de células genéticamente idénticas, a partir de una sola célula.
Clonación De Genes
Técnica que consiste en multiplicar un fragmento de ADN recombinante en una célula-huésped (generalmente una bacteria o una levadura) y aislar luego las copias de ADN así obtenidas.
Clonación Molecular
IInserción de un segmento de ADN ajeno, de una determinada longitud, dentro de un vector que se replica en un huésped específico.
Conjugación
Uno de los procesos naturales de transferencia de material genético de una bacteria a otra, junto con la transducción y la trasformación, realizado por contacto entre ellas.
Clon (del griego klon= pequeña rama, vástago)
Población de organismos, células, virus o moléculas de ADN derivados de la replicacíón de un único progenitor genético.
Clonaje o clonación
Procedimiento que permite la obtención de un clon.
Cósmido
Vector artificial, constituido por un plásmido y por las secuencias cos del fago lambda, que permite clonar secuencias de ADN muy largas.
Cromosomas artificiales de levadura (CAL o YAC, del inglés “yeast artificial chromosomes”)
ADN recombinante que posee secuencias que permiten su mantenimiento en células de levaduras y hace posible la clonación de regiones muy grandes de ADN.
Desnaturalizar
Alterar el estado natural de los ácidos nucleicos o de las proteínas. La desnaturalización del ADN o del ARN desenrolla y separa las dos hebras de una doble hélice o rompe la estructura secundaria monocatenaria.
Desnaturalización De Proteínas
Proceso por el cual una proteína pierde la forma nativa. Una proteína se puede desnaturalizar por calor, cambios en el pH del medio, presencia de detergentes, etc.
Diagnóstico Génico
Técnica de localización e identificación de la secuencia de un determinado gen para establecer su normalidad o malformación. Permite predecir en ausencia de síntomas, en algunos casos la existencia de enfermedades congénitas, y, en otros, los factores ambientales de riesgo que las provocarán.
Diferenciación
Conjunto de procesos por los que las células adquieren las características propias de las células adultas.
“Dot blot” (hibridización sobre mancha)
Técnica que permite diferenciar si una muestra biológica contiene una secuencia de ácido nucleico concreta. Para ello se enfrenta directamente la muestra con una sonda marcada cuya secuencia reconocerá y se unirá específicamente al ADN en cuestión.
Electroforesis.
Método de separación de moléculas consistente en someter la mezcla a un campo eléctrico de manera que las moléculas migrarán más o menos según su tamaño y su carga eléctrica. Se puede utilizar para separar o purificar proteínas o fragmentos de ARN o ADN.
Electroforesis en gel con campo pulsante (EGCP o PFGE, del inglés
“pulsed field gel electrophoresis”)
Técnica electroforética para separar moléculas de ADN muy grandes mediante la alteración periódica de la dirección del campo eléctrico a través del cual migran las muestras.
Electroporación
Técnica consistente en someter las células a un choque eléctrico con el fin de aumentar la permeabilidad de sus membranas y permitir la entrada de moléculas de gran tamaño como proteínas o genes
Endonucleasa de restricción (ver restrictasa)
Enzima que corta las moléculas de ADN en lugares con secuencias específicas de nucleótidos.
ES (células)
Embryo-derived stem cells. Células embrionarias no diferenciadas. Pueden cultivarse in vitro de manera prolongada y modificadas genéticamente. En un ratón, por ejemplo, una vez implantadas en un embrión contribuyen a la formación de un individuo-quimera que puede transmitir genéticamente la modificación a su descendencia.
Extremos cohesivos
Terminaciones de las monohebras de ADN ocasionadas por acción de ciertas endonucleasas de restricción, originando unas secuencias en tales terminaciones que facilitan la unión de dichos extremos en moléculas diferentes.
Extremos romos
Extremos no cohesivos de una molécula de ADN dúplex (las dos cadenas poseen la misma longitud) .
Fermentación
Conversión biológica anaeróbica (sin oxígeno) de las moléculas orgánicas, generalmente hidratos de carbono, en alcohol, ácido láctico y gases, mediante la acción de ciertos enzimas que actúan bien directamente o como componentes de ciertas bacterias y levaduras. En su uso más coloquial, el término hace referencia a menudo a bioprocesos que no están estrictamente relacionados con la fermentación.
Gen reportero (informador)
Gen que codifica un producto que puede ser medido con facilidad al introducirlo, por transfección, en una célula.
Heterodúplex
Molécula de ADN de doble cadena, formada por hibridación de cadenas sencillas complementarias, de diferentes orígenes. Sólo las secuencias de ADN homólogas o complementarias pueden formar regiones de doble cadena, mientras que las secuencias de ADN no complementarias quedan como cadenas sencillas y son visibles como tales en el microscopio electrónico.
Hibridación
Proceso por el cual dos hebras sencillas complementarias de polinucleótidos se asocian para formar una doble hélice.
Hibridación “in situ” con fluorescencia (HISF o FISH, del inglés “fluorescence in situ hybridization”)
Técnica para visualizar sitios en cromosomas que se hibridan con sondas específicas de nucleótidos, marcadas por fluorescencia.
Hibridoma
Célula híbrida. Se obtiene fusionando células plasmáticas con células de mieloma (cancerosas) que tienen la capacidad de crecer y dividirse continuamente.
Huella de ADN (“ADN fingerprint”)
Patrón de fragmentos de ADN de una región particular de un genoma, obtenido con una nucleasa de restricción particular. Los fragmentos se separan mediante electroforesis en gel y dependiendo de la secuencia particular de ADN que se examina, el patrón puede ser exclusivo de cada individuo de la especie.
Huésped
Animal o vegetal que alberga o nutre otro organismo (parásito). En manipulación genética, organismo de tipo microbiano, animal o planta cuyo metabolismo se usa para la reproducción de un virus, plásmido o cualquier otra forma de ADN extraño a ese organismo y que incorpora elementos de ADN recombinado.
Inserto de ADN
Segmento de ADN unido a un vector de ADN recombinante para su clonaje.
Knockout (noqueado, poner fuera de combate)
Capacidad de eliminar un gen específico en una célula o un organismo por medio de técnicas moleculares.
Línea celular
Clon celular bien definido que puede perpetuarse en cultivo, durante muchas generaciones e, incluso, indefinidamente.
Liposomas
Vesícula esférica artificial constituida por dos o mas capas de lípidos. Los liposomas se están utilizando como vector de genes.
Mapa de restricción.
Conjunto de puntos de corte, que un ADN (desde el de un plásmido hasta un cromosoma entero) tiene para un conjunto de endonucleasas de restricción.
Mapa genético
Determinación del orden lineal de los genes a lo largo de un cromosoma.
Mapa molecular
Establecimiento del orden lineal de segmentos de ADN a lo largo de un cromosoma.
Mapeo génico
Elaboración de un mapa de los diferentes loci génicos sobre la base de la posición física de unos con respecto a otros.
Medio De Cultivo
Conjunto de substratos, minerales, factores de crecimiento y vitaminas que se usan para el cultivo de microorganismos (bacterias, levaduras, etc.) o líneas celulares derivadas de animales y plantas.
Microinyección
Técnica que permite introducir en una célula un gen en solución, gracias a una micropipeta y bajo microscopio.
Microsatélites
Semejantes a los minisatélites, pero con un tamaño alélico menor, en el rango de dos a cuatro nucleótidos. En el genoma humano existen varias decenas de miles, presentándose aproximadamente uno por cada 100.000 p.b.
Minisatélites
Variaciones en la cantidad de secuencias de ADN repetitivas en tándem que aparecen en loci específicos en diferentes poblaciones. Su tamaño suele ser de 10-30 p.b. En el genoma humano aproximadamente existe uno por cada 1.000.000 p.b.
Molde
Cadena de ARN o de ADN que es utilizada para dirigir el orden de fijación de los nucleótidos en una nueva cadena polinucleotídica por apareamiento de bases complementarias.
Mutación
Cambio transmisible en una secuencia de nucleótidos que conduce a una alteración o la pérdida de la función normal codificada por esa secuencia de nucleótidos.
Nick Traslation
Método que permite reemplazar nucleótidos de ADN de doble cadena por otros idénticos marcados, mediante tratamiento con ADNasa I y posterior repartición con ADN-polimerasa. Ambas cadenas son marcadas con esta técnica.
Northern blot
Véase transferencia Northern
Nucleasa
Enzima que degrada específicamente moléculas de ácidos nucleicos.
Organismo transgénico
Animal o planta cuyo genoma ha sido modificado por la introducción de nuevas secuencias de ADN, de modo que la descendencia de ese organismo heredará las nuevas secuencias.
Origen de replicación
Sitio específico del ADN en el cual se inicia su replicación.
Palíndromos
Fragmento de dos cadenas de ADN en que las bases complementarias de la doble hélice están ordenadas según una simetría rotacional. Constituyen el sustrato de las endonucleasas de restricción que rompen la molécula en el entorno del eje de simetría y en ambas cadenas. Son segmentos capicúas que resultan iguales vistos en uno u otro sentido. Como el capicúa alfabético anilina.
Paseo Genómico (“genome walk”)
Obtención de un mapa de las secuencias del ADN genómico alrededor de un segmento clonado, utilizando los extremos de éste como sondas para clonar (usualmente de una biblioteca) las regiones contiguas de ADN que se solapan con él.
PCR (del inglés “polymerase chain reaction). Reacción en cadena de la polimerasa
Sistema de amplificación genética que permite obtener millones de copias de un determinado fragmento de ADN o ARNm del que simplemente se conozcan dos secuencias que lo flanqueen.
PCR con cebadores alelo específicos.
Sistema de PCR que, debido al cebador utilizado, permite la amplificación de un alelo específico individual.
Plásmido (o episoma)
Molécula de ADN cerrada, circular, que se multiplica de forma autónoma en la célula y puede pasar de unas células a otras. Es bastante común en las bacterias. Muchos plásmidos, modificados genéticamente, se utilizan como vectores en la clonación molecular.
Polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (PLFR o RFLP, del inglés “restriction fragment length polymorphism”)
Variaciones, heredables, en la longitud de los fragmentos de ADN de una región específica obtenidos por acción de enzimas de restricción. Se deben a la aparición o desaparición de dianas de restricción en las secuencias del ADN.
Polimorfismos genéticos
Existencia de múltiples variantes de un gen (y por tanto de la proteína que codifica). En el ADN humano, aproximadamente 1 de cada 500 nucleótidos es polimórfico (varía de un individuo a otro).
Primer (o iniciador). Véase cebador.
Radioautografía
Detección de moléculas marcadas radiactivamente sobre película de rayos X.
Reacción en cadena de la polimerasa. Véase PCR.
Reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR, del inglés ”reverse transcription-polymerase chain reaction”)
Amplificación de ARN mediante PCR tras copiarlo como ADNc por medio de transcripción inversa.
Recombinación
Intercambio de uno o varios fragmentos de ADN entre dos moléculas distintas de manera que las resultantes poseen secuencias de las dos originales. La recombinación génica se produce de forma natural en varias situaciones, como es la generación de las células sexuales.
Recorrido cromosómico
Secuenciación de fragmentos de ADN clonado en una dirección a lo largo del cromosoma. (caminata genomica)
Repeticiones en tándem de número variable (RTNV o VNTR, del inglés “variable number tandem repeats”). Véase Minisatélites.
Repeticiones terminales largas (RTL o LTR, del inglés “long terminal repeat”)
Secuencias bicatenarias de ADN, generalmente de varios centenares de pares de bases de longitud, que están repetidas en los dos extremos del ADN de los retrovirus y de los retrotransposones.
Restrictasa
Enzima de restricción que corta el ADN por secuencias específicas (generalmente fragmentos de 6 bases) y que origina extremos romos o cohesivos.
Secuencia de ADN
Orden de encadenamiento de las bases nitrogenadas de los nucleótidos que constituyen el ADN y que cifra toda la información genética. Cuando es codificante (exón), define el orden de los aminoácidos que forman la proteína correspondiente.
Secuencia señal
Secuencia de aminoácidos que orienta una proteína hacia un sitio celular específico.
Sistema de mutación refractario a la amplificación (SMRA o ARMS, del inglés “amplification refractory mutation system”). Véase PCR con cebadores alelo específicos
Sonda
Segmento de ADN o de ARN marcado radioactivamente (o con algún grupo químico detectable fácilmente), utilizado para detectar secuencias de ácidos nucleicos complementarios mediante hibridación.
Southern blot
Véase Transferencia Southern.
Terapia Génica
Conjunto de los procesos destinados a la introducción in vitro o in vivo de un gen normal en células, germinales o somáticas, en las que el mismo gen, anormal, provoca una deficiencia funcional, origen de una enfermedad, o la de un gen codificador de una proteína, por ejemplo, con una acción antitumoral en las células cancerosas, o antivírica en células infectadas por un virus patógeno.
Totipotencia
Capacidad de una célula para originar un organismo completo.
Transcriptasa reversa
Enzima que copia una secuencia de nucleótidos de ARN a una de ADN.
Transducción
Transferencia de material genético entre bacterias, mediante la participación de un fago, sin que éstas entren en contacto.
Transfección
Proceso por el que un gen o un fragmento de ADN foráneo es transferido o introducido en una célula.
Transferencia Northern
Técnica que transfiere moléculas de ARN, después de su fraccionamiento por tamaños en geles, a membranas nitrocelulósicas para su hibridación con sondas específicas.
Transferencia Southern
Técnica que transfiere moléculas de ADN, después de su fraccionamiento por tamaño en geles, a membranas nitrocelulósicas para su hibridación con sondas específicas.
Transferencia Western
Técnica que transfiere moléculas proteicas, después de su fraccionamiento por tamaño en geles, a membranas nitrocelulósicas para su análisis con anticuerpos.
Transformación
Conjunto de cambios que una célula sufre cuando se convierte en cancerosa. También se aplica a las bacterias cuando incorporan un gen exógeno.
Transgén
Gen que se introduce en una célula o en un individuo de forma artificial.
Translocación
Cambio en la ubicación de un determinado fragmento de material genético.
Vector
Molécula de ADN que puede unirse a un segmento de ADN de distinto origen y que puede ser introducida después en una célula en la que es capaz de replicarse.
Vector de expresión
Vector de ADN recombinante diseñado para permitir la transcripción y la traducción de secuencias codificantes contenidas en segmentos de ADN insertados.
Vector lanzadera (Shuttle/transbordador)
Vector de ADN recombinante que puede replicarse en las células de más de una especie.
Vector suicida
Vector de ADN recombinante diseñado para que no pueda replicarse, siendo capaz de integrar una parte de su material genético en el ADN genómico, generalmente por recombinación homóloga.
Vntr
Ver Repeticiones en tándem de número variable.
Western blot
Véase Transferencia Western
Oligonucleótidos sintéticos bicatenarios que pueden unirse a los extremos de fragmentos de ADN para originar sitios reconocibles por las enzimas de restricción.
ADN complementario (ADNc)
Cadena complementaria de ADN copiada a partir de una de ARN mediante la enzima transcriptasa inversa
ADN recombinante
Molécula de ADN que contiene segmentos de distintos orígenes (pueden ser biológicos o sintetizados químicamente). Para su generacion los segmentos de ADN se unen utilizando procedimientos de laboratorio
Agrobacteria
Género de bacterias del suelo que introducen genes ciertos vegetales mediante sus plásmidos.
Amplificación
Aumento del número de copias de un gen o de una secuencia de ADN.
Anticuerpo monoclonal
Anticuerpo producido por un clon de linfocitos B. A diferencia del policlonal, que es una mezcla de anticuerpos que reaccionan con diversos determinantes antigénicos, cada anticuerpo monoclonal posee una única especificidad.
Bandeado G
Técnica para ver un patrón de bandas en los cromosomas al teñirlos con Giemsa.
Bandeado Q
Técnica para ver un patrón de bandas en los cromosomas al teñirlos con quinacrina.
Biblioteca de ADN recombinante (genoteca)
Población de moléculas idénticas de vector en la que cada una de estas moléculas es portadora de un inserto de ADN diferente. En su conjunto, los diferentes insertos pueden representar un genoma completo (por ejemplo, una biblioteca genómica humana) o bien una colección de ARNs mensajeros aislados a partir de un tipo particular de célula y convertidos en los correspondientes ADNs complementarios (en cuyo caso se habla de una biblioteca de ADNc).
“Blotting”
Inmovilización de ADN, ARN o proteínas en una superficie de papel o membrana porosa para facilitar su estudio.
Cepa
En microbiología, conjunto de virus, bacterias u hongos que tienen el mismo patrimonio genético.
Clones
Grupo de células o de organismos de idéntica constitución genética entre sí y con el antepasado común del que proceden por división binaria o por reproducción asexual.
Clonación Celular
Proceso de multiplicación de células genéticamente idénticas, a partir de una sola célula.
Clonación De Genes
Técnica que consiste en multiplicar un fragmento de ADN recombinante en una célula-huésped (generalmente una bacteria o una levadura) y aislar luego las copias de ADN así obtenidas.
Clonación Molecular
IInserción de un segmento de ADN ajeno, de una determinada longitud, dentro de un vector que se replica en un huésped específico.
Conjugación
Uno de los procesos naturales de transferencia de material genético de una bacteria a otra, junto con la transducción y la trasformación, realizado por contacto entre ellas.
Clon (del griego klon= pequeña rama, vástago)
Población de organismos, células, virus o moléculas de ADN derivados de la replicacíón de un único progenitor genético.
Clonaje o clonación
Procedimiento que permite la obtención de un clon.
Cósmido
Vector artificial, constituido por un plásmido y por las secuencias cos del fago lambda, que permite clonar secuencias de ADN muy largas.
Cromosomas artificiales de levadura (CAL o YAC, del inglés “yeast artificial chromosomes”)
ADN recombinante que posee secuencias que permiten su mantenimiento en células de levaduras y hace posible la clonación de regiones muy grandes de ADN.
Desnaturalizar
Alterar el estado natural de los ácidos nucleicos o de las proteínas. La desnaturalización del ADN o del ARN desenrolla y separa las dos hebras de una doble hélice o rompe la estructura secundaria monocatenaria.
Desnaturalización De Proteínas
Proceso por el cual una proteína pierde la forma nativa. Una proteína se puede desnaturalizar por calor, cambios en el pH del medio, presencia de detergentes, etc.
Diagnóstico Génico
Técnica de localización e identificación de la secuencia de un determinado gen para establecer su normalidad o malformación. Permite predecir en ausencia de síntomas, en algunos casos la existencia de enfermedades congénitas, y, en otros, los factores ambientales de riesgo que las provocarán.
Diferenciación
Conjunto de procesos por los que las células adquieren las características propias de las células adultas.
“Dot blot” (hibridización sobre mancha)
Técnica que permite diferenciar si una muestra biológica contiene una secuencia de ácido nucleico concreta. Para ello se enfrenta directamente la muestra con una sonda marcada cuya secuencia reconocerá y se unirá específicamente al ADN en cuestión.
Electroforesis.
Método de separación de moléculas consistente en someter la mezcla a un campo eléctrico de manera que las moléculas migrarán más o menos según su tamaño y su carga eléctrica. Se puede utilizar para separar o purificar proteínas o fragmentos de ARN o ADN.
Electroforesis en gel con campo pulsante (EGCP o PFGE, del inglés
“pulsed field gel electrophoresis”)
Técnica electroforética para separar moléculas de ADN muy grandes mediante la alteración periódica de la dirección del campo eléctrico a través del cual migran las muestras.
Electroporación
Técnica consistente en someter las células a un choque eléctrico con el fin de aumentar la permeabilidad de sus membranas y permitir la entrada de moléculas de gran tamaño como proteínas o genes
Endonucleasa de restricción (ver restrictasa)
Enzima que corta las moléculas de ADN en lugares con secuencias específicas de nucleótidos.
ES (células)
Embryo-derived stem cells. Células embrionarias no diferenciadas. Pueden cultivarse in vitro de manera prolongada y modificadas genéticamente. En un ratón, por ejemplo, una vez implantadas en un embrión contribuyen a la formación de un individuo-quimera que puede transmitir genéticamente la modificación a su descendencia.
Extremos cohesivos
Terminaciones de las monohebras de ADN ocasionadas por acción de ciertas endonucleasas de restricción, originando unas secuencias en tales terminaciones que facilitan la unión de dichos extremos en moléculas diferentes.
Extremos romos
Extremos no cohesivos de una molécula de ADN dúplex (las dos cadenas poseen la misma longitud) .
Fermentación
Conversión biológica anaeróbica (sin oxígeno) de las moléculas orgánicas, generalmente hidratos de carbono, en alcohol, ácido láctico y gases, mediante la acción de ciertos enzimas que actúan bien directamente o como componentes de ciertas bacterias y levaduras. En su uso más coloquial, el término hace referencia a menudo a bioprocesos que no están estrictamente relacionados con la fermentación.
Gen reportero (informador)
Gen que codifica un producto que puede ser medido con facilidad al introducirlo, por transfección, en una célula.
Heterodúplex
Molécula de ADN de doble cadena, formada por hibridación de cadenas sencillas complementarias, de diferentes orígenes. Sólo las secuencias de ADN homólogas o complementarias pueden formar regiones de doble cadena, mientras que las secuencias de ADN no complementarias quedan como cadenas sencillas y son visibles como tales en el microscopio electrónico.
Hibridación
Proceso por el cual dos hebras sencillas complementarias de polinucleótidos se asocian para formar una doble hélice.
Hibridación “in situ” con fluorescencia (HISF o FISH, del inglés “fluorescence in situ hybridization”)
Técnica para visualizar sitios en cromosomas que se hibridan con sondas específicas de nucleótidos, marcadas por fluorescencia.
Hibridoma
Célula híbrida. Se obtiene fusionando células plasmáticas con células de mieloma (cancerosas) que tienen la capacidad de crecer y dividirse continuamente.
Huella de ADN (“ADN fingerprint”)
Patrón de fragmentos de ADN de una región particular de un genoma, obtenido con una nucleasa de restricción particular. Los fragmentos se separan mediante electroforesis en gel y dependiendo de la secuencia particular de ADN que se examina, el patrón puede ser exclusivo de cada individuo de la especie.
Huésped
Animal o vegetal que alberga o nutre otro organismo (parásito). En manipulación genética, organismo de tipo microbiano, animal o planta cuyo metabolismo se usa para la reproducción de un virus, plásmido o cualquier otra forma de ADN extraño a ese organismo y que incorpora elementos de ADN recombinado.
Inserto de ADN
Segmento de ADN unido a un vector de ADN recombinante para su clonaje.
Knockout (noqueado, poner fuera de combate)
Capacidad de eliminar un gen específico en una célula o un organismo por medio de técnicas moleculares.
Línea celular
Clon celular bien definido que puede perpetuarse en cultivo, durante muchas generaciones e, incluso, indefinidamente.
Liposomas
Vesícula esférica artificial constituida por dos o mas capas de lípidos. Los liposomas se están utilizando como vector de genes.
Mapa de restricción.
Conjunto de puntos de corte, que un ADN (desde el de un plásmido hasta un cromosoma entero) tiene para un conjunto de endonucleasas de restricción.
Mapa genético
Determinación del orden lineal de los genes a lo largo de un cromosoma.
Mapa molecular
Establecimiento del orden lineal de segmentos de ADN a lo largo de un cromosoma.
Mapeo génico
Elaboración de un mapa de los diferentes loci génicos sobre la base de la posición física de unos con respecto a otros.
Medio De Cultivo
Conjunto de substratos, minerales, factores de crecimiento y vitaminas que se usan para el cultivo de microorganismos (bacterias, levaduras, etc.) o líneas celulares derivadas de animales y plantas.
Microinyección
Técnica que permite introducir en una célula un gen en solución, gracias a una micropipeta y bajo microscopio.
Microsatélites
Semejantes a los minisatélites, pero con un tamaño alélico menor, en el rango de dos a cuatro nucleótidos. En el genoma humano existen varias decenas de miles, presentándose aproximadamente uno por cada 100.000 p.b.
Minisatélites
Variaciones en la cantidad de secuencias de ADN repetitivas en tándem que aparecen en loci específicos en diferentes poblaciones. Su tamaño suele ser de 10-30 p.b. En el genoma humano aproximadamente existe uno por cada 1.000.000 p.b.
Molde
Cadena de ARN o de ADN que es utilizada para dirigir el orden de fijación de los nucleótidos en una nueva cadena polinucleotídica por apareamiento de bases complementarias.
Mutación
Cambio transmisible en una secuencia de nucleótidos que conduce a una alteración o la pérdida de la función normal codificada por esa secuencia de nucleótidos.
Nick Traslation
Método que permite reemplazar nucleótidos de ADN de doble cadena por otros idénticos marcados, mediante tratamiento con ADNasa I y posterior repartición con ADN-polimerasa. Ambas cadenas son marcadas con esta técnica.
Northern blot
Véase transferencia Northern
Nucleasa
Enzima que degrada específicamente moléculas de ácidos nucleicos.
Organismo transgénico
Animal o planta cuyo genoma ha sido modificado por la introducción de nuevas secuencias de ADN, de modo que la descendencia de ese organismo heredará las nuevas secuencias.
Origen de replicación
Sitio específico del ADN en el cual se inicia su replicación.
Palíndromos
Fragmento de dos cadenas de ADN en que las bases complementarias de la doble hélice están ordenadas según una simetría rotacional. Constituyen el sustrato de las endonucleasas de restricción que rompen la molécula en el entorno del eje de simetría y en ambas cadenas. Son segmentos capicúas que resultan iguales vistos en uno u otro sentido. Como el capicúa alfabético anilina.
Paseo Genómico (“genome walk”)
Obtención de un mapa de las secuencias del ADN genómico alrededor de un segmento clonado, utilizando los extremos de éste como sondas para clonar (usualmente de una biblioteca) las regiones contiguas de ADN que se solapan con él.
PCR (del inglés “polymerase chain reaction). Reacción en cadena de la polimerasa
Sistema de amplificación genética que permite obtener millones de copias de un determinado fragmento de ADN o ARNm del que simplemente se conozcan dos secuencias que lo flanqueen.
PCR con cebadores alelo específicos.
Sistema de PCR que, debido al cebador utilizado, permite la amplificación de un alelo específico individual.
Plásmido (o episoma)
Molécula de ADN cerrada, circular, que se multiplica de forma autónoma en la célula y puede pasar de unas células a otras. Es bastante común en las bacterias. Muchos plásmidos, modificados genéticamente, se utilizan como vectores en la clonación molecular.
Polimorfismo de longitud de fragmento de restricción (PLFR o RFLP, del inglés “restriction fragment length polymorphism”)
Variaciones, heredables, en la longitud de los fragmentos de ADN de una región específica obtenidos por acción de enzimas de restricción. Se deben a la aparición o desaparición de dianas de restricción en las secuencias del ADN.
Polimorfismos genéticos
Existencia de múltiples variantes de un gen (y por tanto de la proteína que codifica). En el ADN humano, aproximadamente 1 de cada 500 nucleótidos es polimórfico (varía de un individuo a otro).
Primer (o iniciador). Véase cebador.
Radioautografía
Detección de moléculas marcadas radiactivamente sobre película de rayos X.
Reacción en cadena de la polimerasa. Véase PCR.
Reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR, del inglés ”reverse transcription-polymerase chain reaction”)
Amplificación de ARN mediante PCR tras copiarlo como ADNc por medio de transcripción inversa.
Recombinación
Intercambio de uno o varios fragmentos de ADN entre dos moléculas distintas de manera que las resultantes poseen secuencias de las dos originales. La recombinación génica se produce de forma natural en varias situaciones, como es la generación de las células sexuales.
Recorrido cromosómico
Secuenciación de fragmentos de ADN clonado en una dirección a lo largo del cromosoma. (caminata genomica)
Repeticiones en tándem de número variable (RTNV o VNTR, del inglés “variable number tandem repeats”). Véase Minisatélites.
Repeticiones terminales largas (RTL o LTR, del inglés “long terminal repeat”)
Secuencias bicatenarias de ADN, generalmente de varios centenares de pares de bases de longitud, que están repetidas en los dos extremos del ADN de los retrovirus y de los retrotransposones.
Restrictasa
Enzima de restricción que corta el ADN por secuencias específicas (generalmente fragmentos de 6 bases) y que origina extremos romos o cohesivos.
Secuencia de ADN
Orden de encadenamiento de las bases nitrogenadas de los nucleótidos que constituyen el ADN y que cifra toda la información genética. Cuando es codificante (exón), define el orden de los aminoácidos que forman la proteína correspondiente.
Secuencia señal
Secuencia de aminoácidos que orienta una proteína hacia un sitio celular específico.
Sistema de mutación refractario a la amplificación (SMRA o ARMS, del inglés “amplification refractory mutation system”). Véase PCR con cebadores alelo específicos
Sonda
Segmento de ADN o de ARN marcado radioactivamente (o con algún grupo químico detectable fácilmente), utilizado para detectar secuencias de ácidos nucleicos complementarios mediante hibridación.
Southern blot
Véase Transferencia Southern.
Terapia Génica
Conjunto de los procesos destinados a la introducción in vitro o in vivo de un gen normal en células, germinales o somáticas, en las que el mismo gen, anormal, provoca una deficiencia funcional, origen de una enfermedad, o la de un gen codificador de una proteína, por ejemplo, con una acción antitumoral en las células cancerosas, o antivírica en células infectadas por un virus patógeno.
Totipotencia
Capacidad de una célula para originar un organismo completo.
Transcriptasa reversa
Enzima que copia una secuencia de nucleótidos de ARN a una de ADN.
Transducción
Transferencia de material genético entre bacterias, mediante la participación de un fago, sin que éstas entren en contacto.
Transfección
Proceso por el que un gen o un fragmento de ADN foráneo es transferido o introducido en una célula.
Transferencia Northern
Técnica que transfiere moléculas de ARN, después de su fraccionamiento por tamaños en geles, a membranas nitrocelulósicas para su hibridación con sondas específicas.
Transferencia Southern
Técnica que transfiere moléculas de ADN, después de su fraccionamiento por tamaño en geles, a membranas nitrocelulósicas para su hibridación con sondas específicas.
Transferencia Western
Técnica que transfiere moléculas proteicas, después de su fraccionamiento por tamaño en geles, a membranas nitrocelulósicas para su análisis con anticuerpos.
Transformación
Conjunto de cambios que una célula sufre cuando se convierte en cancerosa. También se aplica a las bacterias cuando incorporan un gen exógeno.
Transgén
Gen que se introduce en una célula o en un individuo de forma artificial.
Translocación
Cambio en la ubicación de un determinado fragmento de material genético.
Vector
Molécula de ADN que puede unirse a un segmento de ADN de distinto origen y que puede ser introducida después en una célula en la que es capaz de replicarse.
Vector de expresión
Vector de ADN recombinante diseñado para permitir la transcripción y la traducción de secuencias codificantes contenidas en segmentos de ADN insertados.
Vector lanzadera (Shuttle/transbordador)
Vector de ADN recombinante que puede replicarse en las células de más de una especie.
Vector suicida
Vector de ADN recombinante diseñado para que no pueda replicarse, siendo capaz de integrar una parte de su material genético en el ADN genómico, generalmente por recombinación homóloga.
Vntr
Ver Repeticiones en tándem de número variable.
Western blot
Véase Transferencia Western
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